No meu antigo trabalho, montar um sistema de autenticação via USB+Pen-drive foi um projeto que foi uma pena eu não ter tido tempo de colocar em prática. E como tudo no mundo FOSS, se você não fizer, alguém faz: http://www.pamusb.org/. O projeto PAM_USB permite que você consiga utilizar um pen-drive como token de autenticação (agregado ou não a senha), utilizando para isso, as identificações do fabricante, modelo e número de série do dispositivo. O Dicas-L traz um artigo ensinando a utilizar o recurso. Bem interessante a possibilidade.